Im Zuge des Prüfberichts ist es Aufgabe von AQAS, zu überprüfen, ob die Hochschule in ihrem Selbstbericht zu Beginn des Verfahrens den Nachweis erbracht hat, dass mindestens ein Studiengang das Qualitätssicherungssystem erfolgreich durchlaufen hat. Die Verabschiedung des Prüfberichts erfolgt bei AQAS durch die Ständige Kommission. Der Prüfbericht wird der Gutachtergruppe zur Verfügung gestellt.

Das gesamte Begutachtungsverfahren umfasst in der Regel zwei Begehungen: Ziel der ersten Begehung ist es, dass sich die Gutachtergruppe umfassend über die Hochschule und den grundsätzlichen Aufbau ihres Qualitätssicherungssystems informieren kann. In der zweiten Begehung wird dann die flächendeckende Anwendung des Qualitätssicherungssystems innerhalb der Hochschule in Form von Stichproben überprüft. Gegenstand der Stichproben ist sowohl die Einhaltung der in den einschlägigen Ordnungen genannten formalen und fachlich-inhaltlichen Kriterien für Studiengänge als auch die Frage, inwiefern das Qualitätsmanagementsystem der Hochschule diese Kriterien eigenständig prüft. Darüber hinaus bewerten die Gutachterinnen und Gutachter, die Umsetzung der internen Prüfmechanismen am Beispiel eines Studiengangs, der das Qualitätssicherungssystem der Hochschule durchlaufen hat.

Im Anschluss an die beiden Begehungen wird ein umfassendes Gutachten zur Überprüfung der fachlich-inhaltlichen Kriterien zur Systemakkreditierung verfasst.