Das Verfahren der Systemakkreditierung folgt dem Prinzip, wissenschaftsgeleitet zu sein, und ist als Peer Review konzipiert: Die Gutachtergruppe zeichnet sich insbesondere durch Expertise in der Hochschulsteuerung und der hochschulinternen Qualitätssicherung im Bereich von Studium und Lehre aus.

Ziel des Begutachtungsverfahrens ist die Verbesserung von Studium und Lehre und somit die Weiterentwicklung der einzelnen Studiengänge. Als Grundlage für die Akkreditierung dient ein Akkreditierungsbericht, den AQAS für die entsprechende Hochschule erstellt. Der Akkreditierungsbericht besteht aus zwei Teilen: Dem Prüfbericht und dem Gutachten zu den fachlich-inhaltlichen Kriterien. Letzteres hat den Charakter eines Sachverständigengutachtens. Auf Basis des Berichts der Agentur kann die Hochschule im Anschluss an das Begutachtungsverfahren beim Akkreditierungsrat die Systemakkreditierung beantragen.

Aus Sicht von AQAS stellt der Akkreditierungsbericht ein wichtiges Mittel zur Qualitätssicherung und -entwicklung von Hochschulen dar.