Es ist Aufgabe der begutachtenden Agentur, die in der Musterrechtsverordnung festgelegten formalen Kriterien zu prüfen. Im Rahmen der Überprüfung der Formalia erstellt AQAS einen sogenannten Prüfbericht. Dieser wird aus Gründen der internen Qualitätssicherung durch die Ständige Kommission von AQAS kommentiert und verabschiedet. Der Prüfbericht wird der Hochschule zur Kenntnis gegeben und auch der Gutachtergruppe zur Verfügung gestellt, der in einem nächsten Schritt die Überprüfung der fachlich-inhaltlichen Kriterien (Teil 3 der Musterrechtsverordnung) obliegt.

Um die im Akkreditierungsantrag dargelegte Situation zu verifizieren und zu diskutieren, findet in der Regel eine Begehung der Hochschule durch die Gutachtergruppe statt. Zur Begutachtung der fachlich-inhaltlichen Kriterien führen die Gutachterinnen und Gutachter z. B. Gespräche mit der Hochschulleitung, den Studiengangsverantwortlichen und Lehrenden sowie den Studierenden. Die Begehung endet mit einer kurzen Rückmeldung der Gutachtergruppe zu den Stärken und Schwächen des Studiengangs.

Im Nachgang der Begehung wird ein Gutachten zu den fachlich-inhaltlichen Kriterien verfasst, das zur Stellungnahme an die Hochschule gesandt wird, bevor von AQAS der abschließende Akkreditierungsbericht erstellt wird.